Die Zelle – ein komplexes Ding
RNA-Polymerasen
Berechnung eines repräsentativen Expressionswertes
und einer Signifikanz
Probe Pair
Feature
Gesättigter Wert
PM
MM
Wilcoxon test
• nicht-parametrisch
• gepaart
• Testet PM > MM
75% Perzentil der PM-Intensitäten
Expressionsanalyse in der Krebsforschung
Am Beispiel des Bronchialkarzinoms
Proteinexpression
Genexpression
Differenzielle
Proteinexpression
Differenzielle
Genexpression
Phänotyp
Kandidatengen: differenziell exprimiert in Tumorzellen
für Diagnostik und Therapie
Oligo-Array-Experiment
Extraktion der
poly-A-RNA
Amplifikation
und Markierung
der RNA
Fragmentierung
Hybridisierung
Färbung
cDNA-Array Technology
2. Sample preparation
1. Microarray preparation
Microarray
Cell collection
mRNA
extraction,
amplification
Flourecence
Labeling
3. Hybridization
PCR-Amplification
of the genes of interest
(one gene - one tube)
Spotting of each cDNA
on a defined place
4. Image and data analysis
Red/Green-ratio
background corrected intensity

B - Lectures